Hồ Victoria nhận 80% trong tổng lượng nước vào từ nước mưa trực tiếp.[3] Lượng bốc hơi trong hồ từ 2,0 và 2,2 mét (6,6 và 7,2 ft)[Chuyển đổi: Số không hợp lệ] mỗi nămr, gần gấp đôi lượng mưa của khu vực riparian.[8] Phần thuộc Kenya, các sông ảnh hưởng chính gồm sông Sio, Nzoia, Yala, Nyando, Sondu Miriu, Mogusi và Migori. Tính tổng, các sông này cung cấp lượng nước lớn hơn nhiều cho hồ so với sông lớn nhất chảy vào hồ là sông Kagera.[9]

Hồ thể hiện các điều kiện phú dưỡng. Năm 1990–1991, nồng độ ôxy trong lớp hỗn hợp cao hơn trong giai đoạn 1960–1961, với lượng ôxy siêu hòa tan gần như liên tục trong tần nước mặt. Nồng độ ôxy trong tầng Hypolimnion (như tầng nằm bên dưới đường nhiệt, không được tuần hoàn, và duy trì lạnh vĩnh viễn) thấp hơn năm 1990–1991 trong giai đoạn dài so với 1960–1961, với giá trị thấp hơn 1 mg/l xưất hiện trong tầng nước nông khoảng 40 mét (130 ft) so với sự xuất hiện nông nông nhất ở độ sâu lớn hơn 50 mét (160 ft) năm 1961. Sự thay đổi ôxy được xem là phù hợp với các số liệu đo đạc lượng sinh khối tảo và năng suất cao hơn.[10] Những thay đổi này đã phát sinh vì nhiều lý do: gia tăng đốt cháy trong lưu vực,[11] bồ hống và tro đã tích tụ trên phần lớn diện tích hồ; từ sự gia tăng dinh dưỡng của các dòng chảy đổ vào hồ,[12] và do sự gia tăng ô nhiễm liên quan đến các khu định cư ven hồ.